Não acho que seja uma boa ideia definir o endereço MAC de dois dispositivos na mesma máquina como o mesmo. Pode até funcionar se os dispositivos estiverem em redes separadas, mas ainda assim - pelo menos é confuso.
Seu servidor tem duas interfaces de rede, então ele tem dois endereços MAC.
Tecnicamente, não há diferença entre wlan e eth em relação a ser uma interface de rede.
A razão pela qual o software ignora a wlan e olha apenas para a eth quando a verificação da licença pode ser uma convenção.
Praticamente, todo servidor tem uma interface eth, que é possivelmente não usada, é claro. E pode ter várias interfaces eth.
Então, faria algum sentido que o MAC de eth0 fosse usado - mas eles se esqueceram de dizer a convenção implícita.
Não seria uma solução muito limpa, mas você poderia tentar definir o MAC de eth0 para o MAC licenciado, como fez, mas alterar o MAC de wlan0 para outra coisa.
O acima é independente do flexlm, como eu não sei que o software;
Mas encontrei algumas informações específicas sobre o assunto aqui:
Ele afirma que a licença é verificada em relação aos endereços MAC de todas as interfaces de rede no servidor, de forma que essa parte funcione.
A solução descrita é como desativar o IPV6, além de uma alteração no /etc/hosts .