Absolutamente não. 1. É para o Windows e 2. não é algo que a maioria dos sistemas operacionais pode inicializar. Seria melhor usar um sistema de arquivos como o ext3 para o sistema live. Desde que você está fazendo no windows, melhor para torná-lo em FAT32 / vfat / msdos. É melhor fazer isso com algumas partições, para que você possa ter persistência e talvez queira uma partição em um sistema de arquivos diferente, dependendo do que estiver usando.
Edit: Bem, se você estiver usando um dos processos padrão do Linux Live USB, ele colocará uma imagem de disco de forma que emule um CD / DVD. Ele deve ser capaz de usar qualquer coisa que o Windows possa ler para começar, mas os USBs vêm como VFAT / FAT32 sempre, pois é um fs que Linux, OS X e Windows podem ler nativamente, então não há razão para mudar isso. No entanto, você realmente pode querer persistência e para isso você provavelmente deve criar seu live USB enquanto estiver no Linux (nativo, de um live CD ou de uma VM), para que você possa criar uma partição ext3 se quiser uma.
Depende muito do que você quer fazer. Se você está configurando o Kali, não há absolutamente nenhuma razão para visualizar os arquivos no USB do Windows e, de fato, você provavelmente desejará criptografá-los. Da mesma forma, se você estiver fazendo algo como o Tails ou o LPS. No entanto, os USBs são grandes o suficiente agora que existem todos os tipos de coisas que você poderia fazer com eles. Você pode até mesmo particioná-los e torná-los USBs multi-boot ao vivo que inicializam em diferentes SOs, já que eles são basicamente apenas discos rígidos compactos.
Como você não explicou o que está fazendo nem fornece links para as instruções que está seguindo, devo dar respostas amplas. Você pode estar criando um inicializável de uma maneira diferente que a norma.