Não pule a configuração do fstab, apenas remova todas as linhas apontando para cdrom.
E copiar o kernel seria parecido com o seguinte:
//Copy kernel image and initramfs from the pendrive to your new system
mkdir -p /mnt/usb
mount /dev/sdb1 /mnt/usb
cp /mnt/usb/boot/gentoo /boot/kernel
cp /mnt/usb/boot/gentoo.igz /boot/initramfs
Altere sdb1
para o seu dispositivo usb real, que você pode encontrar com
ls -l /dev/disk/by-id/usb*