Você precisa garantir que a nova biblioteca realmente substitui a biblioteca do seu sistema. Em um sistema Debian amd64 , isso seria algo como /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libinput.so.10.6.2 ; você deve copiar sua nova biblioteca lá:
./configure && make && sudo cp -P src/.libs/libinput.so* /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
Uma abordagem melhor seria usar modificar o pacote libinput da sua distribuição; por exemplo, no Debian:
apt-get source libinput
cd libinput-1.1.3
Modifique evdev-mt-touchpad-gestures.c conforme apropriado e, em seguida,
dch -n "Reduce two-finger scroll timeout."
dch -r ignored
dpkg-buildpackage -us -uc
sudo dpkg -i ../libinput10*deb
(Você precisaria ter devscripts e dpkg-dev instalado.)
Você pode fazer algo semelhante em distribuições baseadas em RPM.