Você pode tentar o seguinte comando para o seu script:
xrandr --output MONITORNAME --rotate right
Para descobrir o nome do seu monitor, examine a saída de:
xrandr | grep connected
Os nomes dos monitores parecem com LVDS (geralmente a tela interna), VGA-0 , HDMI-0 , etc.
Se você não tiver certeza de qual monitor é qual, tente um; --rotate normal vai colocá-lo de volta do jeito que estava no caso de você ter o errado. E, dependendo da orientação do seu monitor, você pode precisar de --rotate left em vez de right .