Depende da linguagem do aplicativo escrito. Por exemplo, no bash você pode analisar argumentos curtos ( - ) com os getopt e getopts e os longos ( -- ) com getopt apenas.
getopts é uma função bash, getopt é um programa separado. Portanto, para máxima portabilidade dos seus scripts bash, você precisa usar getopts e short notation.
Para outros idiomas, você pode consultar a seção "argumentos de análise" da documentação apropriada.