A interpretação do ID da partição é uma função do carregador de boot. O Linux realmente não se importa, ele usa outras técnicas para descobrir o que há em cada partição. No entanto, outros sistemas operacionais se importam (acredito que várias versões do Windows, por exemplo).
Rotular incorretamente a partição pode resultar em outros sistemas operacionais tentando usá-la incorretamente.