A julgar pelo nome do caminho em que você fez encontrar o rpms, estou inclinado a assumir que é onde o repositório (repodata) é / era em oposição a onde eles foram acidentalmente baixado para. Seu comentário sobre cadeados cinza sugere ainda que este era um dispositivo de leitura local montado localmente.
Estou passando pela mesma dor e estou prestes a concluir que as opções downloadonly
no yum não farão o download do rpms, se a base do arquivo repo em /etc/yum.repos.d
tiver um valor de file:///some/path
.
Quando eu movo o repositório local para um servidor apache, a opção de download funciona de forma dinâmica.
Existe uma alternativa, chamada yumdownloader
em yum-utils
, que poderia atendê-lo bem.