Você ainda pode usar o Beyond Compare no Linux, eles têm uma porta Linux.
Acesse o link e baixe um dos pacotes debian.
Eu quero comparar dois ou mais arquivos e mesclar as diferenças que eu quero. Eu estava usando windows so frequentemente. mas agora trabalhando no Ubuntu 12.04 os.No Windows "Beyond compare" facilitou o meu trabalho. mas como agora mudei para o linux, não consigo encontrar nenhuma ferramenta ou software como inigualável no Windows. Por favor, me diga se você conhece algum. Muito obrigado.
fldiff pode ser o que você procura. Está nos repositórios oficiais. Instale-o com:
sudo apt-get install fldiff
Outro é diffuse :
sudo apt-get install diffuse