isso acontece porque cada pacote no apt tem uma lista de dependências, que você pode ver com:
apt-cache depends libgtkspell0 pidgin-data atom
Para reter os pacotes o apt está sugerindo que você remova, átomo, que tem uma dependência que entra em conflito com uma das dependências que o átomo possui. Observe em particular o:
Conflicts: libgtkspell0:i386
parte da saída.
Então apt está simplesmente tentando resolver um conflito. Pode-se notar que pode valer a pena postar um problema para o empacotador dos dois pacotes ser removido porque, em teoria, o apt deve se oferecer para remover o pacote não mais necessário, não um pacote que esteja ativo no sistema, mas é sempre um equilibrar a criação e manutenção de listas de dependência / conflito em um pool de pacotes.
Se eu tivesse que adivinhar, eu acho que o apt internamente realmente não tem uma maneira de diferenciar entre remover e ativar pacotes ao criar suas listas de dependência, então é simplesmente escolher o resultado com o menor número negativo (ou seja, remoção forçada de um pacote).