A maioria dos servidores VNC configurará um servidor X "virtual" ao qual você pode se conectar usando um cliente VNC. Fiz alguns testes rápidos e sujos e, se estiver usando o Raspbian, o "tightvncserver" fará o que você quiser.
$ sudo apt-get install tightvncserver
$ Xvnc :1 &
$ DISPLAY="0.0:1" navit
Em seguida, conecte-se ao servidor VNC na porta 5901 usando o visualizador de sua escolha.