Se tudo o que você quer fazer é remapear os botões do mouse, então a maneira mais fácil é xmodmap . Por exemplo, para trocar os botões 2 e 3:
xmodmap -e 'pointer = 1 3 2'
ou coloque esta linha
pointer = 1 3 2
em um arquivo chamado ~/.Xmodmap e execute o comando xmodmap ~/.Xmodmap quando você efetuar login (se seu ambiente de área de trabalho não fizer isso para você).