Se você tem o GNU sed, você pode usar o formulário de endereço especial 0,/./
para fazer substituições apenas na parte de um arquivo até a primeira linha não vazia. Para ilustrar:
~$ cat -e file.txt
$
$
non empty line$
non empty line$
$
$
non-empty line$
$
(os sinais $
indicam términos de linha literais: veja man cat
); então
~$ sed '0,/./ s/^$/\r/' file.txt | cat -e
^M$
^M$
non empty line$
non empty line$
$
$
non-empty line$
$
em que os caracteres ^M
indicam os CRs inseridos.