Você pode usar os recursos de manipulação de strings do bash, executando o comando por meio do bash:
bash -c 'avconv -i "$0" -map 0:1 -c:a copy "${0%%.*}".m4a' %f
(Eu estou supondo que o seu gerenciador de arquivos irá passar um nome de arquivo como foo bar.mp4 como um único argumento.)
Observe que bash tem ${var%%suffix} e ${var%suffix} - a primeira é gulosa ( foo.bar.mp4 se tornará foo com a primeira e foo.bar com a segunda). Neste caso, pretendo usar o último e assumir que %% será substituído por % pelo gerenciador de arquivos, pois % aparentemente é um caractere especial aqui.