Uma solução é criar um conjunto de união de B e C com C como o ramo de gravação. Em seguida, o problema reduz a cópia de arquivos A para B + C apenas em falta em B + C, o que pode ser feito com
rsync -a --ignore-existing /A /B+C
Para a união, uma possibilidade é unionfs-fuse .
unionfs-fuse -o cow /C=RW:/B=RO /B+C
Ou unionfs:
mount -t unionfs -o dirs=/C=rw:/B=ro unionfs /B+C