debsums pode ajudá-lo um pouco. O oft-quoted debsums -ce listará os arquivos de configuração que foram alterados, a partir do pool de arquivos de configuração rastreados; então não é uma solução completa.
Em vez disso, você deve executar debsums -e e ignorar qualquer arquivo marcado como "OK". Qualquer outra coisa - que inclua arquivos listados por debsums como "FAILED", e arquivos não listados por debsums em tudo , tenha sido modificada, seja por um usuário ou por um script, ou seja não rastreado e, portanto, precisa de inspeção manual.