Depende do sistema de arquivos no qual sua pasta reside.
Pode ser que o seu sistema de arquivos não suporte as permissões / propriedades do Linux (por exemplo, NTFS) ou que algo esteja corrompido quando você forçou a reinicialização.
Esta pode ser uma sugestão tola, mas você já tentou também com chown -R root:root databases/
(seja com sudo
ou diretamente como root)?