Você pode fazer isso configurando um loop em cada diretório na origem e, se não houver um diretório no destino com esse nome, ele será movido: bourne snippit:
for dir in 'cd "$sourcedir" ; ls -1F | grep '/''
do
if [ ! -d "${targetdir}/${dir}" ]
then
mv "$dir" "${targetdir}/"
fi
done
Observe que isso quebrará ou substituirá um arquivo se você tiver um arquivo no destino com o mesmo nome de um diretório na origem. Se você quiser robusto, você deve adicionar algumas verificações adicionais.