Você precisa encontrar um decodificador de formato FLV e fazer com que ele verifique os arquivos para garantir que pelo menos o formato do contêiner esteja completo e correto. O FFmpeg analisa e converte arquivos no formato FLV, mas você pode não ser capaz de usá-lo com um arquivo contendo formatos de vídeo desconhecidos.
Com um pouco de programação, o formato de contêiner FLV é bastante simples de decodificar. Depois de verificar o arquivo e listar seus formatos contidos, você pode escolher quais blocos ignorar e ignorar.