A chave aqui é que, se cada unidade puder ler seus próprios discos, mas não os discos da outra unidade, então um ou ambos terão cabeças desalinhadas. Este é um problema muito comum com as unidades de disquetes, especialmente se elas foram descartadas.
Essencialmente, significa que uma unidade está gravando os dados no local errado, para que outras unidades não possam lê-los. Como as mesmas cabeças são usadas para leitura e escrita, a mesma unidade pode ler esses discos novamente perfeitamente.
Tente seus discos em outras unidades, se puder, pois isso informará a você qual unidade (se houver) está alinhada corretamente. Se os discos escritos em uma determinada unidade não funcionarem em nenhum outro lugar, então você sabe que a unidade está desalinhada.
Realinhar um drive é um assunto complicado, que requer um osciloscópio e discos analógicos especiais que não estão prontamente disponíveis, portanto, substituir o drive geralmente é a opção mais fácil.