O Qubes usa o hipervisor Xen sob o capô para que qualquer coisa que você possa fazer com o Xen seja possível no Qubes. A criação de um HVM é um passo à frente para a maioria dos SO compatíveis com x86, mas a integração com o desktop pode não ser tão boa quanto outros sistemas operacionais que já estão sendo suportados diretamente.
Por exemplo, acabei de criar um HVM executando o Android-x86.org. Foi correndo Ok, mas de alguma forma eu estraguei alguma coisa e não tenho tempo para mexer com isso agora. Eu estava apenas tentando ver se isso poderia ser feito, e a resposta é sim.
Basta procurar nos documentos como instalar um HVM de e iso. É bem simples, uma vez que você saiba como. diverta-se.