Ok, a conta provavelmente tem o conjunto de shell incorreto. Eu nunca vi isso acontecer a tomcat, embora ...
faça o seguinte para confirmar que este é o problema:
$ grep tomcat /etc/passwd
Ele deve dizer algo como o seguinte:
tomcat:x:<nnn>:<nnn>::/home/tomcat:/bin/sh
em que
tomcat:x:<nnn>:<nnn>::/home/tomcat:/bin/false
ou
tomcat:x:<nnn>:<nnn>::/home/tomcat:/sbin/nologin
Às vezes, o nome de usuário do tomcat também tem um sufixo de número de versão, como tomcat6 ou tomcat7, substitua "tomcat" no comando abaixo pelo nome do usuário do tomcat.
Use o comando chsh:
$ chsh -s /bin/sh tomcat
O tomcat de reinicialização:
$ service restart tomcat6
Por favor, verifique catalina.out para erros.