Enquanto sua pergunta realmente me confundiu, eu acredito que você deveria deixar de usar um script php para lidar com o serviço snmptrapd.
Esse arquivo ( /etc/snmp/snmptrapd.conf ) é usado pelo snmptrapd serviço que pode ser ativado em qualquer nível de execução desejado (3, 4, 5) e pode ser configurado para registrar traps para o MySQL, então não há necessidade de criar um daemon separado.
Em outra nota, talvez um pequeno script de shell seja mais eficiente do que tentar manipular a interceptação inicializando o interpretador PHP, carregando o SNMP, MySQL & extensões adicionais. Aqui está um exemplo simples , embora você definitivamente precise adicionar o manipulação de banco de dados (que você pode usar o meu exemplos para realizar ).
Com isso sendo dito, se você ainda deseja implementar uma solução com PHP, você provavelmente deve pesquisar a extensão SNMP disponível para PHP