Você pode remover a associação de arquivos NEF em /usr/share/applications/defaults.list
, abrir um Terminal com Ctrl + Alt + t e digitar:
sudo gedit /usr/share/applications/defaults.list
Procure uma linha contendo image/x-nikon-nef
e exclua somente esta linha.
Em seguida, reinicie seu sistema / sessão para filtrar por tipo conforme o esperado.