Um dispositivo NAS (Network Attached Storage) é normalmente usado como um dispositivo de armazenamento que compartilha dados pela rede. O que você está tentando alcançar é possível em teoria, mas é muito incomum e pode, portanto, ser difícil de trabalhar.
Primeiro de tudo, o suporte para Thunderbolt é bastante baixo em sistemas operacionais de código aberto. Como você descobriu, o FreeBSD não tem suporte para isso e o Linux suporta apenas a partir do kernel 3.17.Em segundo lugar, como as distribuições do NAS geralmente esperam que você se conecte ao NAS como um dispositivo de rede, você pode ter problemas se tentar resolver isso. Pessoalmente, eu uso um NAS para fazer backups e gostaria de mantê-los o mais seguro possível e evitar soluções alternativas.
Eu aconselho que você crie um NAS adequado e simplesmente conecte-se a ele usando o gigabit ethernet, que já é bastante rápido.
EDIT: não há distribuição que suporte o que você está tentando fazer por padrão. Isso não significa que não possa ser feito. Eu começaria com o Open Media Vault e tentaria instalar o kernel do Linux 3.17, possivelmente do repositório do Jessie (OMV está no Squeeze, eu acho).