Se o programa for executado no PlayOnLinux e você estiver satisfeito com isso, provavelmente será mais rápido que em uma VM. Esta seria minha primeira preferência. Você pode verificar a capacidade de combate dos aplicativos em WineHQ .
A execução de programas do Windows em uma Máquina Virtual (como com o VirtualBox ou KVM ou VMware) é bastante conveniente, especialmente para jogos não 3D. No entanto, dependendo da especificação do seu sistema host, quase certamente haverá alguma queda de desempenho. Seu sistema Windows virtualizado parecerá que roda em um PC "mais lento que o host", mas eles também parecerão mais estáveis. :) Um benefício adicional com esta configuração é que você pode rodar os bots do Windows lá, e continuar trabalhando no seu sistema linux. Por outro lado, restringe os recursos do seu sistema (como RAM / CPU).
Observe que, para as duas abordagens, há otimizações.
Então, responda sua pergunta. Se o programa rodar bem no Wine / PlayOnLinux, é improvável (mas não impossível) que funcione mais rápido em uma Máquina Virtual.