Você precisaria de alguém para pré-compilar a fonte de todos os pacotes e obter o .debs pronto para você (os pacotes binários do Debian para kernels Linux não funcionarão para os kernels FreeBSD), e a recompilação / portagem nem sempre é trivial. O Ubuntu não tem esses binários pré-compilados, então eu acho que a resposta simples é "não - pelo menos não sem uma equipe de desenvolvedores muito competentes".
Você pode, no entanto, tentar usar o Debian GNU / kFreeBSD e instalar os mesmos pacotes que você tem em um sistema Ubuntu. No entanto, essa distribuição ainda não está em grande forma.
O mesmo é verdadeiro para outros kernels - existe o Debian GNU / Hurd, mas não há pacotes pré-compilados para o Hurd, e vários pacotes Debian não estão disponíveis para o Debian GNU / Hurd.