Existe uma boa maneira de depurar problemas com qualquer aplicativo Java local, se você ainda não usou, VisualVM realmente ajuda com processos de servidor em fuga. Ele é lançado como um aplicativo de gui e anexado a qualquer aplicativo Java que esteja sendo executado no mesmo jvm. Se o Eclipse estiver bloqueado fazendo o trabalho, isso pelo menos permitirá que você saiba quais métodos estão presos.