Muitas possibilidades. No momento do login, normalmente, são executados 3 passos:
1) No momento do login, o shell especificado em /etc/passwd é lançado. Então, eu primeiro daria uma olhada em /etc/passwd (usando a GUI como gedit , já que você não pode usar o terminal ...) e verifique o shell (é o último campo). Você pode ter uma linha como esta para seu usuário:
user:x:500:500::/home/user:/bin/bash
(Você pode ter /bin/sh , /bin/csh , /bin/zsh , ... mas /bin/bash é o mais comum)
2) Em seguida, o shell lerá o conteúdo de seu /home/user/.bash_profile (se você usar bash ). Então eu olhei esse arquivo (ie: abra com gedit , mas cuidado, nomes de arquivos começando com . estão escondidos por padrão) e veja se ele inicia qualquer comando python.
3) Finalmente, /home/user/.bashrc também é lido ao iniciar seu terminal. Então eu vou dar uma olhada nesse arquivo também.
Estes são os primeiros passos que eu faço, procurando se algum desses arquivos inicie o comando python , ipython , xonsh ou qualquer script py.