Se isso acontecer com frequência, considere executar sua sessão do emacs no Terminal do Gnome em tmux . Dessa forma, você pode se conectar a partir do console com tmux attach e salvar o que precisa ser salvo.
Se você não usa tmux , reptyr pode permitir que você reconecte a sessão do emacs ao seu console para edição adicional .
Configurar o autosave do emacs também pode ajudar, caso você precise reinicializar o sistema sem poder salvar.