Você não terá nenhum problema, presumindo que você formate o USB como FAT32 ou NTFS (nativo para Windows, mas que o Linux Mint pode manipular) e não ext4 ou btrfs (nativo para Linux, mas que o Windows não pode manipular fora do caixa).
As barras invertidas / barras são um artefato de exibição ao imprimir um caminho completo, elas não estão realmente no disco (apenas os nomes de diretório estão lá que são concatenados usando a barra ao serem exibidos).
A única coisa que você deve observar é que o Windows tem mais restrições do que o Linux em nomes de arquivos, então não tente criar nada com nomes exóticos usando o Linux. O sistema de arquivos pode restringir você, mas eu ficaria com A-Z0-9_
para nomes de arquivos / diretórios.