Experimente sed :
sed -i.bak 's/[0-9]\+/(&)/g' file.txt
Nesta substituição de sed , estamos substituindo [0-9]\+ , ou seja, dígitos sucessivos com (&) , ou seja, parênteses em torno dos dígitos correspondentes. g significa que esta substituição ocorrerá para todos os padrões correspondentes, caso contrário, ela só substituirá a primeira correspondência.
Após a operação, o arquivo modificado será file.txt e o arquivo original será mantido como file.txt.bak . É uma boa prática fazer backup do arquivo original, se você não quiser fazer backup basta usar:
sed -i 's/[0-9]\+/(&)/g' file.txt