Você pode obter esse comportamento com set padhour
:
ubuntu:~> set prompt="%P>"
0:36:02>
0:36:03>set padhour
00:36:07>
Também testado no FreeBSD 10.
Na página de manual :
Special shell variables
padhour If set, enable the printing of padding '0' for hours,
in 24 and 12 hour formats. E.G.: 07:45:42 vs. 7:45:42.