Arquivar diretórios antigos que você raramente acessa como tarballs pode definitivamente melhorar o desempenho de um sistema de backup baseado em arquivos.
I wonder, is this a documented phenomenon (benchmarks?)
Não é realmente um "fenômeno documentado", mas uma consequência natural de ter que varrer o sistema de arquivos e examinar cada arquivo, um por um, para determinar se é necessário fazer o backup.
Você pode reduzir a frequência de backups, conforme Faheem Mitha sugere. , mas você pode achar problemático manter vários backups em freqüências diferentes (para coisas frequentemente atualizadas e coisas antigas arquivadas) ou para manter listas de exclusões de arquivos e coisas do tipo. Se você realmente não planeja precisar de acesso a esses diretórios tão cedo, eu acho que é uma ótima idéia atualizá-los. Eu fiz isso muitas vezes exatamente pela mesma razão.