Você está basicamente tentando usar o segundo arquivo como um índice. Você pode filtrar o arquivo primeiro, manter apenas as linhas desejadas e processar o resultado linha por linha.
Provavelmente, é mais fácil criar uma matriz awk de números de linha para processar.
awk 'NR==FNR { array[FNR] = $1 }
NR!=FNR { file1_lines[FNR] = $0 }
END { for(linenum in array) { print file1_lines[array[linenum]] } }' file2 file1
Você pode redirecionar isso para outro arquivo e, em seguida, processar o todo sem filtragem.