Parece que seu app $ recebe a vírgula anexada a outros nomes de pacotes do que a vim. Tente remover as vírgulas dos aplicativos
ou Experimente
sudo apt-get install $(echo $app | sed 's/,//g') -y
em vez de
sudo apt-get install $app -y
e
sudo pip install -U $(echo $app | sed 's/,//g')
em vez de
sudo pip install -U $app