Taking snapshots of a subvolume is not a recursive process. If you create a snapshot of a subvolume, every subvolume or snapshot that the subvolume contains is mapped to an empty directory of the same name inside the snapshot. (from https://docs.oracle.com/cd/E37670_01/E37355/html/ol_use_case3_btrfs.html)
Se o seu layout for adequado, criar instantâneos de subvolumes que você deseja naturalmente excluirá subvolumes dos quais você não deseja obter instantâneos. Instantâneos não são backups, mas isso efetivamente exclui os arquivos de log do instantâneo. Se você fizer um backup do snapshot, os arquivos de log também deverão ser excluídos dos backups.