scp tem uma opção -p :
-p Preserves modification times, access times, and modes from the
original file.
Portanto, defina suas permissões localmente e, em seguida, faça o scp .
Ou você pode usar tar :
tar -zc file.* | ssh guy@... 'tar -zx -C ~/public_html/kool-stuff; chmod 755 ~/public_html/kool-stuff/file.*'
Em qualquer um dos casos, duvido que as permissões executar sejam necessárias se forem arquivos.