Eu encontrei um relatório de bug semelhante no bug tracker que me deu a dica certa. link
Basicamente, o diretório Incluir estava faltando. Então eu uso jail e meu clang é a versão 3.4.1, mas no meu diretório basejail onde apenas os arquivos de inclusão para 3.3. Então a solução foi apenas copiar os arquivos include da base para as minhas jaulas.
$ cd /usr/jails/basejail/usr/include/clang
$ ls
3.3
$ sudo cp -r /usr/include/clang/3.4.1 /usr/jails/basejail/usr/include/clang