Exclua o arquivo ~/.gnupg/random_seed . Em seguida, faça um backup de todo o diretório ~/.gnupg/ . Copie de volta depois de reinstalar o SO.
Tome o cuidado de apagar com segurança os arquivos no armazenamento de backup caso outras pessoas possam acessá-los (por exemplo, se for um dispositivo USB).
Normalmente, /home é colocado em um volume separado para que os dados do usuário não sejam afetados por uma alteração no SO.