Existe uma incompatibilidade de versão. Eu tentei remover o php-mysql e substituí-lo com o php-mysqlnd para corrigir o conflito.
Em Centos, executando o forro um
rpm -e --nodeps php-mysql && yum install php-mysqlnd -y && service httpd graceful
de acordo com a resposta na parte inferior desta página obteve o php-mysqlnd
instalado.
Mas esteja avisado, esta opção rpm --nodeps
é considerada prejudicial de acordo com link .
Meu servidor não mostra os erros depois disso.
Estou usando o Centos 7, php-mysqlnd-5.4.16-23, php 5.4.16, o mysql Distrib 5.6.23 e o apache 2.2.x