Eu recomendo que você use a máquina virtual.
Primeiro, você obtém a instalação completa do Windows para não precisar se preocupar com problemas de compatibilidade.
Em segundo lugar, você pode fazer backup da sua máquina copiando apenas .vdi ot .vmdk ou qualquer outro formato que você usar.
Em terceiro lugar, você pode exportar sua máquina virtual e até fazer o upload para algumas plataformas de nuvem, como a AWS, e sua máquina não será perdida (mas requer pagamento adicional).
Você só precisa configurá-lo corretamente, habilitar a aceleração de hardware (se a sua CPU suportar), configurar conexão em ponte para ter conexão com a Internet, etc. e funcionará tão bem quanto a máquina real.