Eu tenho um sistema configurado para fazer o mesmo e se parece com isso:
SUBSYSTEM=="input", ACTION=="remove", RUN+="/usr/local/sbin/yubikey_gone"
Em seguida, o script /usr/local/sbin/yubikey_gone
contém:
#!/bin/sh
if [ "x$ID_MODEL" != "xYubico_Yubikey_II" ]; then
exit 0
fi
exec su vandry -c "DISPLAY=:0.0 gnome-screensaver-command --lock"
Isso invoca o script quando qualquer dispositivo de entrada é desconectado, e então o script testa se foi ou não um Yubikey antes de continuar. Não é a solução correta, mas devo ter tido problemas para fazer com que o teste do modelo do dispositivo funcione diretamente no arquivo de configuração do udev (não me lembro por quê - o script não foi tocado há muito tempo). Não é o melhor caminho, mas pelo menos funciona.