Você pode compartilhar uma partição (o formato NTFS, FAT é o mais fácil) e compartilhá-la entre as reinicializações. Muito mais fácil, e não exigir reinicializações da máquina, é instalar uma VM (VirtualBox, VMware) na máquina do Windows, executar o Linux como uma VM guest e compartilhar os diretórios na unidade do Windows.
Você precisa de mais memória para essa configuração (já que o Windows e o Linux são executados ao mesmo tempo), mas é muito mais poderoso. Você também pode configurá-lo ao contrário, substituindo o Windows por Linux e executando o Windows como um cliente. Essa é uma boa maneira de trabalhar se você ainda tiver que usar o Windows de vez em quando (mas provavelmente não é apropriado para sua configuração).