Em vez de cp -r usr/* /usr , faça:
cp -ri usr/* /usr
O -i flag tornará o processo de cópia interativo e perguntará se você sobrescreve os arquivos. Você terá a opção de conceder ou não a permissão.
P.S: - A versão de cp no meu servidor de teste é 8.4. Ele não pede permissão antes de sobrescrever arquivos, a menos que eu use cp com um -i sinalizador. Não há nenhum alias definido. Então, a melhor maneira é usar o sinalizador -i .
[sreeraj@server ~]$ cp --version
cp (GNU coreutils) 8.4
[sreeraj@server ~]$ cp -ir test testso
cp: overwrite 'testso/test/offrandom'? y
[sreeraj@server ~]$
[sreeraj@server ~]$ cp -r test testso/
[sreeraj@server ~]$