Você não diz qual tipo de sistema de arquivos é usado para /scratch
; Eu espero que seja ext4. O ext4 usa 4k blocos para alocação, de modo que é a menor quantidade de espaço que um objeto do sistema de arquivos pode usar (excluindo arquivos de tamanho zero, é claro).
O ZFS é um sistema de arquivos muito especial e, aparentemente, usa blocos de 512 bytes para alocar espaço. Talvez depois de ter acessado o diretório alguns atributos estendidos foram anexados ao diretório, aumentando o espaço usado por esse diretório. Como é um sistema de arquivos montado em NFS, pode haver algum buffer de atributos, talvez se você consultasse os dados no lado do servidor NFS, talvez não visse a mudança no tamanho.