cryptkeeper armazena os arquivos em um diretório 'oculto', um cujo nome de arquivo começa com . . Se você normalmente teria os arquivos em /path/to/ em um diretório chamado dir , então você deve fazer
ls -a '/path/to/'
e veja um diretório .dir lá. Esse é o diretório que contém a versão criptografada dos arquivos.
Confirme se isso é assim com ls -l /path/to/.dir (observe o . ), você deve ver os nomes dos arquivos que você armazenou e, em seguida, continue a excluir com rm -rf /path/to/.dir/ .