você "reinstalou" a montagem manualmente?
Se você não fez isso, tente executar isso no Terminal OSX
cd / efi / refit
./ enable.sh
Quando for solicitada a senha, use o que a Yosemite lhe perguntar ao tentar instalar um novo software.
Depois disso, você deve ver o menu de inicialização depois de reiniciar. Quando você escolher carregar o Ubuntu a partir do menu de inicialização, você pode ser recebido pelo "grub resgate terminal" ao invés de um boot normal, me avise.
Espero que isso ajude.
A propósito, você também pode pressionar a tecla de opção ("alt") logo após apertar o botão liga / desliga, e lá você verá algumas opções, incluindo o reequipamento. Isso tem a desvantagem de que deve ser feito em cada inicialização, daí a preferência pela solução de terminal.