Não ter partições é como ter uma partição iniciando no setor 0 que está alinhado (a menos que você tenha algo louco como um jumper de deslocamento off-by-1 para o sistema operacional antigo que começa no setor 63, nesse caso você teria o mesmos problemas de alinhamento com partições ...).
Com uma tabela de partições, normalmente não é possível criar uma partição que comece em 0, pois é onde reside a própria tabela de MBR / partição.
Eu recomendo usar partições mesmo que você não pense que precisa, já que uma tabela de partições deixa claro para instaladores, gerenciadores de inicialização e similares, que este disco está em uso e como. É fácil ter acidentes com discos não particionados.