Se checkinstall falhar, provavelmente o pacote não está instalado, não é necessário removê-lo, tente sudo dpkg -r <package-name> , e você pode remover com segurança com rm arquivos intermediários no diretório.
A versão é importante para dpkg / apt então você deve usar uma, até uma falsa, se amanhã um pacote com o mesmo nome entrar na distro, aquele com a versão mais nova será instalado.